Non ho capito bene ciò che vuoi fare con le due partizioni, però ti posso dire che anche io ho due partizioni per gli OS sullo stesso hard disk e quando voglio re-installare uno dei due è sufficiente scegliere nella schermata di installazione dell'OS quale partizione formattare per poi installarci il nuovo OS.

L'ho fatto con XP (32 e 64), 7 e Ubuntu e il procedimento è stato sempre più o meno lo stesso, l'unico problema l'ho riscontrato col 7 che per mantenere nella schermata di boot l'avvio di una versione precedente di Windows necessita un ordine di installazione ben preciso (discorso diverso invece per due versioni di 7).


Se invece vuoi cambiare le dimensioni delle partizioni, crearne di nuove o eliminarle via software, io ho recuperato l'Acronis Disk Director che permette di farlo.