Secondo me c'è un errore di fondo nel tuo ragionamento sull'evoluzione, ovvero credere che la Natura abbia un "piano evolutivo" prestabilito e che l'uomo lo abbia intralciato.

La Vita procede per tentativi, manifestando mutazioni cicliche che permettono alla specie di adattarsi all'ambiente. Quando l'ambiente resta stabile (e favorevole ad una specie), l'evoluzione diventa superflua (portando in alcuni casi alla partenogenesi).
L'uomo ha modificato le sue "priorità" evolutive nel momento in cui ha creato un ambiente sufficientemente stabile in cui vivere. In questa prospettiva il miglioramento genetico non è -quasi- più legato alle necessità ambientali ma a nuove necessità sociali.