In realtà nessuna coltivazione è naturale, perchè dove c'è Coltura non c'è Natura.
La differenza tra l'uomo cacciatore-raccoglitore delle popolazioni nomadi, e l'uomo agricoltore-allevatore delle popolazioni sedentarie, è stata proprio la volontà di smettere di viviere con ciò che il mondo offriva ed iniziare a modificarlo artificialmente secondo le proprie necessità per creare "la condizione ottimale".
Quindi già solamente convertire un prato o un bosco in un terreno agricolo rappresenterebbe un atto contro natura (anche se di questo si potrebbe dibattere a lungo).
Dibattiti filosofici a parte, i tuoi dubbi sulle coltivazioni indoor sono giusti: Secondo un'interpretazione "stretta" dell'agricoltura biologica ed eco-sostenibile, le coltivazioni indoor non dovrebbero essere considerate biologiche.